Товары в PHPShop можно легко выгружать в Яндекс.Маркет. Адрес выгрузки для Яндекс-Маркета: имя_сайта/yml/yandex.php. 

Ссылка http://имя_сайта/yml/yandex.php указывается в личном кабинете Яндеса, подробная инструкция по подключению магазина: http://help.yandex.ru/partnermarket/registration/check-feed.xml

Чтобы указать, какие товары будут выгружаться на Яндекс.Маркет, можно вручную в карточке товара поставить соответствующую галочку Вывод в Яндекс Маркете :

Яндекс Маркет

Пакетное добавление в Яндекс.Маркет

Можно пакетно выделить галочками товары в списке, и затем выбрать опцию Редактировать выбранные.

Яндекс Маркет

Яндекс Маркет

После того, как вы указали товары, которые будут выгружаться на Яндекс.Маркет, в личном кабинете Яндекса укажите ссылку вида http://имя_сайта/yml/yandex.php.